SPACER研究免疫细胞为何停在肿瘤外

AI for Science / 肿瘤免疫 · 8/10 · 推荐论文读者

《Nature Biomedical Engineering》发表SPACER研究，尝试从空间转录组数据中解释细胞为何聚集在某些位置。空间转录组同时记录基因活动和组织位置；SPACER把相邻细胞放进同一个分析单位，从局部基因信号与细胞接触模式中寻找招募规则，而非只预测某个细胞是什么类型。

在37个覆盖多类人类肿瘤与小鼠心脏的数据集中，研究者发现，肿瘤的局部抗原呈递与T细胞接近它密切相关；肿瘤表达的黏蛋白则与T细胞难以接近的物理屏障相关。多个黑色素瘤和胃癌数据集里，较高的黏蛋白水平还对应较差的免疫治疗反应。可解释模型在这里的用途，是从组织图像和分子数据中提出具体、可再做实验检验的生物学线索。

论文与研究机构说明讨论的是机制线索和潜在应用，尚不能写成已经找到改善患者疗效的办法。相关性也不能直接证明去掉某种黏蛋白就能让T细胞进入肿瘤。分析代码已经公开，有相应数据的团队可以复查哪些信号在不同癌种中稳定、哪些依赖特定组织和测量方式。