2800多种病毒的蛋白组合，现在可以直接查结构

AI for Science / 生物医药 · 9.0/10 · 建议深挖

由EMBL-EBI和Google DeepMind维护的AlphaFold数据库，新增了面向疫情防备的病毒结构入口。数据库当前显示，这批新预测覆盖2,812个病毒蛋白组，包含5,279个高置信异源二聚体、2,749个高置信同源二聚体。二聚体可以理解为两段蛋白结合后的形状；其中“异源”指不同蛋白相遇，“同源”指同一种蛋白两份结合。另有4,681个来自既有Viral AlphaFold Database的同源二聚体，不能都算成这次团队新算出的结果。

真正值得注意的，不是“AI又算了很多结构”，而是科研人员已经可以在数据库里浏览这些候选，并拿到NVIDIA公开的BioNeMo结构预测流水线，按自己的序列重复批量计算。过去要研究一个病毒蛋白可能和谁结合，往往先要逐个筛选假设；现在可以先看结构候选，把昂贵实验放在更有希望的位置。NVIDIA称约30%的相互作用在存放实验结构的PDB里没有现成对应记录，说明有不少值得追查的空白。

这里的“高置信”仍是计算预测，不是显微镜或生化实验已经证实结合，更不是发现疫苗或药物。结构还要由实验验证，功能也要进一步测。我的判断是，这类工作比单个模型刷新蛋白预测榜单更实用：数据、入口和生成流程同时开放，别人能查、能挑、也能尝试推翻。